没在win10用过vina，这次安装一个玩

官网下载MGL tools，处理蛋白和小分子的一个免费工具

http://mgltools.scripps.edu/downloads

下载win版本，不过只有32位的

安装

安装的过程中下载vina

http://vina.scripps.edu/

也是只有32位的

 

vina直接安装就可以了

MGL tools会同时安装PMV 和CADD

下面软件都准备好了

先用MGL 生成vina需要的pdbqt文件

MGL tools的作用就是生成pdbqt文件

首先打开受体蛋白的pdb

file-read molecule

 

删除水分子和其他配体，常规操作不用解释

然后计算电荷和添加原子类型

Edit–Charges–Compute Gasteiger

Edit–Atoms–Assign AD4 type

就可以导出成pbdqt格式的文件了

然后右键吧蛋白删除掉，导入配体小分子，随便从ZINC下了一个

Ligand-input-open

同样的处理方式，加极性氢，计算电荷和添加原子类型

Edit–Charges–Compute Gasteiger

Edit–Atoms–Assign AD4 type

配体因为是半柔性，还需要指定root和可旋转键

Ligand–Torsion Tree–Detect Root

Ligand–Torsion Tree–Choose Torsions

保存

Ligand–Output–Save as PDBQT

和受体放在同一个文件夹

现在开始处理vina，vina需要两个可执行程序，vina_split.exe和vina.exe

刚才我们安装过了vina，所以把这两个程序的目录加入环境变量，或者直接把这两个文件复制到对接的工作目录。

那么现在就有了配体和受体的pdbqt文件，还需要指定对接参数，包括以下

Input:

–receptor arg        rigid part of the receptor (PDBQT)

–flex arg            flexible side chains, if any (PDBQT)

–ligand arg          ligand (PDBQT)

Search space (required):

–center_x arg        X coordinate of the center

–center_y arg        Y coordinate of the center

–center_z arg        Z coordinate of the center

–size_x arg          size in the X dimension (Angstroms)

–size_y arg          size in the Y dimension (Angstroms)

–size_z arg          size in the Z dimension (Angstroms)

Output (optional):

–out arg             output models (PDBQT), the default is chosen based on

the ligand file name

–log arg             optionally, write log file

Misc (optional):

–cpu arg                 the number of CPUs to use (the default is to try to

detect the number of CPUs or, failing that, use 1)

–seed arg                explicit random seed

–exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness of the global search (roughly

proportional to time): 1+

–num_modes arg (=9)      maximum number of binding modes to generate

–energy_range arg (=3)   maximum energy difference between the best binding

mode and the worst one displayed (kcal/mol)

Configuration file (optional):

–config arg          the above options can be put here

Information (optional):

–help                display usage summary

–help_advanced       display usage summary with advanced options

–version             display program version

修改之后写如conf文件中，其中energy_range是和最佳模型的能量值相差的最大值，单位kcal/mol，一般-7kcal/mol才有意义，所以可以设置为2-4，其他的就不需要动了

打开终端到工作目录，开始计算

结果直接用pymol打开就可以了